1. 研究项目的申请与立项

研究项目的申请是国家自然科学基金委员会审核流程的第一步，主要包括选题和组织编制研究计划书。该过程由基金申请人发起，并在规定的时间内提交给基金委员会。如果基金申请人的申请得到批准，研究项目将被立项。

2. 基金委员会初审

基金项目受理后，国家自然科学基金委员会将进行初审，以确保该项目符合国家科学研究的发展需要和基金委员会设定的研究方向。初审主要考虑研究计划书的学术水平和研究内容的创新性，以及其他合法性方面的审核。

3. 评审专家审核

基金委员会初审后，将委托相关领域的专家对项目进行评审，评审专家首先会进行课题评审，后进行评审意见书编制，进行专家评审。评审专家将对研究计划书进行全面详细、有针对性、切实可行的审核，以确定该项目的实施性并给出一个综合评价。

4. 基金委员会终审

基金委员会终审是国家自然科学基金委员会审核流程中的最后一步，其主要目的是对学术评审意见进行全面考虑，根据审核结果进行审核和决策。在终审过程中，基金委员会将考虑评审委员会的意见，决定是否批准该研究计划，决定资助金额并核定基金的研究期。

5. 资助和管理项目

国家自然科学基金委员会审核流程的最后一步是基金的资助和对项目的管理。该部分是国家自然科学基金委员会对资助项目的监管、管理、检查及支持向项目主持人提供财务运转、信息支持等相关工作的落实。在实施过程中会涉及到项目进展情况、结项审核等方面。同时，研究过程中也应该注意保密和安全审核等工作。